故事发生在2020年的地球。距“人类超进化事件”的解决已过去十三年。当年拯救过人类的米利尼安奥特曼、达克奥特曼、艾利特奥特曼和巨大的怪兽在这段时期再也没有出现。地球经过这么多年的和平重建，又迎来一次新的大危机——“全球弥雾事件”。在这暗无天日的“毒雾期”，一个奇异的少女和一个新的巨人的出现，成为扭转时局的关键。在各方势力的明争暗斗中，一段宿命与救赎的故事拉开了序幕……